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O tempo passa na Cidade da Sucata. Dois anos depois da luta entre Alita e Jashugan, a androide vive feliz junto de Ido e Shumira. Mas, a tranquilidade está prestes a ser quebrada. Zapan, o guerreiro caçador que perdeu a face por causa de Alita, quer vingança. Alucinado, o cyborgue sem rosto destrói tudo o que aparece em seu caminho e não vai descansar até ver a heroína morta. A luta vai ser cruel.
