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A trama ocorre num tempo futuro já arrasado pelas guerras, pela falta de alimentos e a constante perda populacional. Michiru Saeba, nosso protagonista, acompanhado de seu robô, Roidy, se perde durante uma de suas viagens. Já exausto, Michiru decide procurar alguma vila ou casa para buscar abrigo e alimento. E é assim que ele acaba encontrando uma estranha cidade autosuficiente regida por uma jovem rainha que segue fielmente os desígnios de Deus. Tudo naquela cidade é diferente: a cultura, a arquitetura, as leis e principalmente, a fé.
Mas um crime acontece, o príncipe é estrangulado. Todos da cidade aceitam a morte como algo natural e desígnio de Deus. Mas Michiru não aceita tal explicação e começa a investigar mais a fundo. Seu passado negro vem à tona e segredos são descobertos, seu desejo de vingança se mescla às suas dúvidas. Quem será que matou o príncipe? Será mesmo a vontade de “Deus”? Será a vingança o bastante para libertá-lo de seus tormentos?