No dia seguinte ao Festival Gravidade, os quatro guerreiros mais fortes de Sidonia decolam para impedir que o Gauna à deriva invada a nave-mãe da humanidade. A capitã ordena uma aceleração máxima da nave, ao mesmo tempo que autoriza a formação de uma tropa de defesa que inclui o Nagate! Agora, o jovem que cresceu no nível mais profundo de Sidonia voará pelo espaço para proteger a primeira garota que conheceu na vida, Shizuka Hoshijiro!