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É chega a hora da batalha final contra os Anjos. E também é chegada hora de Shinji superar seus traumas e medos e mostrar o seu verdadeiro valor. Enquanto uma luta épica se desenrola, nos bastidores os chefões da SEELE seguem no encalço de Gendo Ikari, o pai de Shinji e aquele que usou sua posição dentro da NERV para alcançar seus objetivos pessoais. Adão, EVA, Anjos e seres humanos eclodem em um final emocionante onde muitas perguntas são respondidas ao mesmo tempo que surgem novas
