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Na cidade de Number Six, cada detalhe parece ter sido arquitetado para a perfeição. Um lugar onde as aspirações utópicas da humanidade foram realizadas. O estudante de elite Shion leva uma vida de privilégios, embora rigidamente controlada, na área nobre de No. 6. É na noite de seu aniversário de 12 anos que Shion infringe as leis da cidade ao abrigar um fugitivo em sua casa, um menino que se autodenomina Nezumi (Rato). As consequências deste encontro fatídico levarão Shion a trilhar caminhos surpreendentes, onde aprenderá que tudo na vida tem um preço…