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A princesa Zelda e as seis sacerdotisas pressentem o enfraquecimento do selo que aprisiona o mago Vaati e convocam Link para que as protejam, enquanto abrem o portal para o Reino Sagrado da Four Sword. Mas, ao abrirem o portal, uma sombra maligna aparece e sequestra a princesa. Link recupera a Four Sword, mas acaba sendo dividido em quatro corpos e desfaz o selo que prende o mago. Agora, os quatro Links devem impedir que o mago domine Hyrule, enquanto resgatam a princesa Zelda e as sacerdotisas.
