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Em sua viagem de treinamento, Link tem sua ocarina roubada por uma estranha criatura mascarada e é transformado em um deku scrub! Agora, Link deve correr contra o tempo para salvar a Cidade Relógio da destruição iminente e recuperar a Máscara de Majora!
Na segunda história, Link acorda inquieto ao ouvir um chamado. A princesa Zelda foi raptada pelo maligno Agahnim, um seguidor de Ganon que deseja a Triforce para si. Link parte em uma jornada para enfrentar o feiticeiro e descobrir a verdade sobre seu passado.