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"Não quero mais deixar ninguém morrer!"Os Thunder 3 entram no território inimigo determinados!!A operação da Rebellion para resgatar Futaba finalmente começa! Entretanto, ao mesmo tempo, uma enorme frota de naves inimigas aparece ao redor do mundo, exterminando toda a humanidade, exceto no Japão!! Embora cheios de tristeza, com a ajuda do prisioneiro Gaudou, os Thunder 3 conseguem sequestrar uma nave inimiga, e uma batalha feroz começa a bordo, com sangue e carne espalhados por toda parte!! Enquanto isso, na ausência dos Thunder 3, a mão maléfica dos invasores estende-se ao Japão!
