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43 anos se passaram desde o ataque terrorista de Ba’al’s que descarrilou o plano de UQ Holder para derrotar Ialda. Tōta recuperou a maior parte de suas memórias, mas ainda não consegue preencher o vazio de 43 anos que o assombra. Embora ele queira desesperadamente descobrir o que aconteceu com seus amigos, ele deve primeiro sobreviver sendo caçado pelos poderosos servos de Ba’al’s. Sem seus poderes ou imortalidade, Tōta pode escapar das forças de Ba’al e se reunir com seus companheiros UQ Holder? E ainda há algum membro do UQ Holder para se reunir?
