Nos Elíseos, ano de 199X, os Cavaleiros de Athena travam a batalha final contra Hades, para salvar a Deusa e o mundo. Durante a luta, o Imperador das Trevas se lembra de ter encontrado o Cavaleiro de Pégasus em outra vida. No Santuário, há pouco mais de 240 anos, Dohko e Shion são promovidos a Cavaleiros de Ouro pelo Mestre do Santuário de Athena. Os dois percebem a presença de Hades no corpo do jovem Alone e resolvem derrotar o inimigo antes que ele desperte e inicie a Guerra Santa. Porém, antes que Alone possa ser atacado, surge Tenma, o Cavaleiro de Pégasus do século 18 e o salva. Durante a luta entre os Cavaleiros, o jovem se esconde em um templo antigo, onde Pandora tenta despertar a alma de Hades, assim, passado e presente se misturam, e as cortinas de uma nova Guerra Santa se abrem.