Apesar do estado gravíssimo de Izana, a nave Sidonia consegue exterminar o Gauna gigantesco que aparecera na órbita do Planeta Seven. E superar juntos esse grande desafio fez o laço entre Nagate, Yuhata, Izana e Tsumugi se aprofundar ainda mais. Porém, nos bastidores do cotidiano animado dos quatro amigos, nas profundezas da nave que nenhum tripulante ousa chegar, o cientista Ochiai está na reta final para a concretização da sua grande ambição…