Com o desenvolvimento completo do dispositivo de disparo gravitacional pelas Indústrias Toua, a capitão ordena a destruição da Nave Mass Union. Entretanto, o cientista Ochiai, responsável pelo grande desastre de cem anos atrás, ressuscita a partir da Quimera número dois e rouba o dispositivo. Para piorar a situação, Nagate continua fora de combate devido aos seus ferimentos e um grande perigo se aproxima de Sidonia.