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Disfarçados na República de Madisi, Togusa e Tsunagi estão atrás de pistas para a nova missão. Enquanto isso, Batou acompanha o treinamento do Exército Revolucionário. The Ghost in The Shell – The Human Algorithm Capítulo 31 continua as histórias da seção 9 nesta sequência do mangá The Ghost in the Shell 1.5, do original de Shirow Masamune.
