A nave Sidonia consegue escapar por pouco do ataque dos Gaunas e do cientista Ochiai, que voltou como uma Quimera. Porém, a Segunda Tropa de Ataque sofreu sérios danos causados pela Nave Mass Union, e Tsumugi, envolvida nesse conflito, fica fora de combate. Para piorar, uma tropa de Naves Mass Union avança em direção à Sidonia e à Primeira Tropa de Ataque. Nagate deixa sua nave natal sob a proteção de Kunato, e com o Guardião Modelo 20, Yukimori, ele parte! O momento da batalha final é agora!!