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A invasão da base da NERV pelos militares da Seele se intensifica, e os pilotos dos Eva correm grande perigo. Shinji quase é eliminado por soldados inimigos, mas a aparição de seu pai muda o rumo de tudo. Por meio de conversas do piloto com Gendo e Misato, sabemos mais sobre o plano de instrumentação humana e os segredos de Lilith e Adão. Asuka desperta do coma e começa a batalhar com os militares, mas é surpreendida por inimigos inesperados.
