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Tem início a operação de resgate para salvar Shinji, que havia sido incorporado ao Eva após uma estranha reação da Unidade 1. A operação parecia ter fracassado, com o próprio Shinji se recusando a ser salvo; porém, em seu subconsciente, o garoto estava confrontando Yui, a sua falecida mãe. Mal o caso havia sido resolvido, foi a vez de Fuyutsuki ser sequestrado pela SEELE. Enquanto negava qualquer colaboração ao “inimigo”, o sub-comandante da NERV relembra seu passado e o encontro com o casal Gendo e Yui Ikari…
