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Depois da morte de Toji, Shinji resolve deixar a NERV. Apesar de Misato tentar dissuadi-lo, ele se mostra irredutível, mesmo diante do ataque de outro Anjo. Abordado por Kaji, Shinji descobre mais sobre o passado do espião, que o fez encarar a vida da maneira como o faz hoje. Ao saber disso, Shinji pensa em como deverá viver a partir de agora. Ele deve voltar a pilotar o EVA, mesmo depois de ter perdido seu melhor amigo?
