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Incentivado por Ayanami, Shinji mais uma vez tenta se reaproximar de seu pai, mas as coisas não saem como o esperado e o garoto novamente é incapaz de estabelecer uma relação fraternal com o comandante Ikari. Após a derrota de mais um Anjo, a NERV sofre um blecaute, o que levanta a suspeita de que há um espião infiltrado na agência. Pesquisando o passado de Kaji, Misato acaba encontrando um terrível segredo, e por acaso, Shinji também o descobre. Kaji, então, decide contar ao garoto um pouco mais sobre a real função da NERV e dos eventos que ocasionaram a morte de Yui Ikari, a mãe de Shinji.
