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Após descobrir grande parte dos mistérios que rodeiam os Anjos, Evas e a Nerv, Misato agora está intrigada com o passado de Kaworu Nagisa, a quinta criança. Decidida a descobrir mais sobre o piloto, a major interroga Ritsuko, que dá pistas sobre o misterioso rapaz. Entretanto, logo surge o último anjo, aquele cujo destino é se unir a Lilith e causar o terceiro impacto. Caso isso aconteça, toda a humanidade será varrida da Terra. Com Rei e Asuka fora de combate, cabe a Shinji enfrentar o novo inimigo. Porém, resta saber se o piloto do EVA 1 conseguirá dar cabo do último anjo após descobrir sua verdadeira identidade. Diante de tal dilema, o inimigo à sua frente é quem faz um último desejo a Shinji.
