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Com a destruição do último anjo pelas mãos de Shinji, a organização SEELE resolve agir para impedir que Gendo Ikari execute seu próprio plano de aperfeiçoamento humano. Os anciões planejam um ataque em massa à NERV, invadindo o Magi, que controla toda a base de operações. Mas Ritsuko consegue interceptar o ataque ao supercomputador. Mesmo assim, o inimigo consegue se infiltrar dentro da NERV, que entra em estado de alerta. Shinji, ainda abalado pelos últimos acontecimentos, e Asuka, em coma, se tornam os principais alvos dessa ocupação, cujo objetivo maior é eliminar os pilotos dos EVAs.
