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Asuka desperta do coma e inicia a batalha contra as forças de autodefesa tática. A luta fica cada vez mais difícil quando a SEELE envia as nove unidades com mecanismo S2 da “Série EVA” e a ordem é eliminar a piloto. Enquanto isso, Misato, que estava levando Shinji para a unidade 01, conta ao garoto toda a verdade por trás do Plano de Aperfeiçoamento Humano e o surgimento de Adão, Lilith e dos Evas. Porém, a major é ferida gravemente no caminho, forçando o piloto a seguir em frente sozinho…
