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A Nerv está pouco a pouco sendo ocupada pelas tropas da força de autodefesa tática enviada pela SEELE. Os invasores estão cruelmente eliminando todos os membros da base, que começam a questionar quem é o real inimigo – os homens ou os anjos? Shinji continua emocionalmente abalado e é encontrado pelos soldados da SEELE. Quando estava prestes a ser eliminado, o comandante Ikari surge e o salva. O encontro faz com que pai e filho finalmente resolvam suas diferenças, e Shinji deverá escolher entre sobreviver ou voltar a pilotar o EVA. Após fugir dos inimigos, Gendo Ikari encontra seu objetivo – Rei Ayanami. A hora prometida chegou….
