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Shinji viveu separado de seu pai durante muito tempo, quando é repentinamente convocado por ele a comparecer à NERV. Apesar de contrariado, ele se torna piloto do Evangelion – uma arma de combate humanoide. A luta contra os “Anjos”, inimigos desconhecidos, causa medo e tensão, mas, ao mesmo tempo, desperta algo nele que o faz se abrir para as relações humanas à sua volta. Contudo, quando lê algumas anotações de sua supervisora Misato a seu respeito, Shinji se fecha novamente em sua carcaça, e acaba fugindo da NERV.
